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日本国家天文台（National Astronomical Obser*tory of Japan，NAOJ）是日本天文研究国家中心，它拥有世界上最先进的观测设施。它作为大学的一个研究所，它提倡研究人员在日本各地开放使用这些设施，同时鼓励国际合作。 日本国家天文台负责促进日本天文学，天体物理学和科学相关领域发展。

日本国家聚变科学研究所（National Institute for Fusion Science，NIFS）在东京国*物馆台场（日本科学未来馆）将举行新兴科学和创新活动，以显示其聚变能研究活动。

日本统计数理研究所（Institute of Statistical Mathematics，I*）是日本统计科学的国家研究所。2009年10月，它将总部从东京麻布区搬迁立川市。它在1944年成立。自2004年以来，它一直是日本研究组织信息系统（投资回报）的一部分。该研究所还负责日本国家协调委员会的地震预报服务。 日本统计数理研究所网站介绍该组织，新闻，工作人员，图书馆，研讨会和专题讨论会等信息。

RIKEN脑科学研究所（RIKEN Brain Science Institute）通常缩写为RIKEN-BSI，它是日本一家专注于神经科学非营利性研究机构，地址位于日本大东京地区斡裣睾凸馐小Ｏ秩嗡长是利根川进（麻省理工学院联合任命）。

国立环境研究所（National Institute for Environmental Studies，NIES）是在1974年作为一家研究日本环境的机构成立。2001年，它成为一个*的行政机构。该机构分为八个部门中心，每个部门中心负责研究不同的领域。 国立环境研究所发展历史： 1971年7月，环境局成立。 1971年11月，国立环境研究所委员会成立。 1974年3月，国立环境研究所成立。 1985年4月，昭和天皇访问国立环境研究所。 1990年7月，改制后的国立环境研究所包括全球环境研究。 1990年10月，全球环境研究中心创立。 2001年1月，环境局成为环境部。国立环境研究所成立废弃物管理科。 2001年4月，国立环境研究所作为*行政法人成立。

日本生物多样性中心（Biodiversity Center of Japan）是一家负责监测和评价自然环境和生物多样性的机构，它还拥有一个公共图书馆。

一般社夥ㄈ斯际环境研究协会（Global Environmental Research）是日本一家负责预测全球环境问题，并采取相应的对策的组织。

日本海关（Japan Customs）是一家负责日本海关和海关贸易程序的*机构。

国立社会保障和人口问题研究所（National Institute of Population and Social Security Research，IPSS）是日本一家负责社会保障和人口问题的国家级机构。该研究所在1996年成立。

日本国家健康和营养研究所（National Institute Health and Nutrition，NIHN）于1920年作为日本内政部旗下营养研究所而成立。它主要负责改善日本人营养和饮食习惯，为公众普及健康和营养学知识。